Nabór chętnych do udziału prowadzono poprzez ogłoszenia. Uczestnikami zostali ochotniczo studenci, zdrowi fizycznie i psychicznie, koniecznie niekarani. Za każdy dzień eksperymentu otrzymywali 15 dolarów, co w tamtym czasie było przyzwoitym wynagrodzeniem.
Zakwalifikowano 24 mężczyzn, z czego 6 jako rezerwistów. Zadaniem strażników było utrzymanie porządku i niedopuszczenie do buntu. Natomiast ci odgrywający role więźniów zostali zatrzymani przez prawdziwą policję, umyci, odwszawieni, przebrani w szatki na gołe ciało. Pobrano rutynowo odciski palców.
Eksperyment zaplanowano na 14 dni. Problemy pojawiły się już drugiego dnia. Więźniowie podjęli bunt, a strażnicy, za namową Zimbardo, mieli go stłumić. Poniżanie, ograniczanie racji żywnościowych, korzystania z toalety, osadzanie w izolatce, wymuszanie przedstawiania się wyłącznie numerem, karne pompki, dzielenie na dobrych i złych – to zestaw metod stosowanych przez strażników. W efekcie pierwsza osoba wycofała się właśnie w drugim dniu. Czwartego dnia odpadł kolejny uczestnik, lądując w szpitalu. Szóstego dnia eksperyment został przerwany z powodu złego stanu psychicznego i fizycznego więźniów.
Jaki był wniosek Zimbardo? To, czy człowiek jest dobry lub zły, zależy od okoliczności, konkretnie od presji środowiskowej. Eksperyment wywołał protesty społeczne, wskazywano na liczne błędy psychologa. Dość wspomnieć, że później zaostrzono kryteria przeprowadzania kolejnych doświadczeń.
Prowadzący program Łukasz Kaca dość złośliwie skomentował eksperyment stanfordzki. – Dużo więcej jest w stanie powiedzieć o Zimbardo i jak to zostało zorganizowane, niż o społeczeństwie. Przede wszystkim dlatego, że psycholog mocno zaangażował się emocjonalnie i mógł wpływać na przebieg zdarzeń. Stawia pytanie, że być może uczestnicy nie przejawiliby agresji czy sadyzmu, gdyby nie autorytet Zimbardo, dominujący i wymuszający posłuszeństwo. Autor programu nie zgadza się z ponurą wymową eksperymentu na temat mrocznej strony natury ludzkiej. Niemniej nie uciekniemy od pytań, skąd wywodzi się agresja, okrucieństwo czy wojny.