W starożytności ziemie te wraz z przyległymi obszarami Turkmenistanu tworzyły legendarny Chorezm, państwo nad Amu-darią z rozwiniętą gospodarką już od VII wieku p.n.e., a formalnie istniejące do 1924 roku. Pisał o tej krainie Herodot w „Dziejach”. Przez Chorezm biegł w starożytności i średniowieczu Wielki Jedwabny Szlak, czyli trakt karawan wytyczony w II wieku p.n.e., łączący Azję Wschodnią z Europą i służący głównie do transportu jedwabiu. Trudno się dziwić, że Karakałpakstan jest rezerwatem archeologicznym z 300 stanowiskami wykopaliskowymi.
Język Jezusa
Silni gospodarczo mieszkańcy Chorezmu stworzyli silną kulturę, opierając swe pismo na języku aramejskim, tym samym, w którym mówił Jezus. Wyznawali zaratusztrianizm, religię wywodzącą się ze starożytnego Iranu. Już od XIII wieku p.n.e. posługiwali się własnym kalendarzem. Na przełomie tysiącleci (I w. p.n.e. – koniec II w. n.e.) posiadali potężną armię i system fortyfikacji. W ruinę miasta Chorezmu, budzące podziw współczesnych, zaczęły popadać między IV a VIII w. n.e., ale w X wieku znów kraj rozkwitł, co odnotowały źródła arabskie. Kupcy z Chorezmu ruszyli w drogę i docierali do Europy Wschodniej, także do świata Słowian. Zakończył tę hossę najazd Czyngis-chana, który Chorezm złupił, a mieszkańców wybił. Miejsce starożytnego ludu zajęli Karakałpacy, którzy pojawili się na starożytnych ziemiach w XIV wieku i utworzyli Chanat Nogajski. Kraj znów stanął na nogi i przez kilka stuleci nieźle prosperował, aż nadeszli Kałmucy. Przepędzeni Karakałpacy osiedli nad Jeziorem Aralskim i brzegami Syr- -darii, a kolejne migracje znów podzieliły Karakałpaków na górnych i dolnych (od biegu Syr-darii).
W XIX wieku karakałpacki Chanat Chiwy pojawia się w relacjach dyplomatycznych rosyjskich, osmańskich, irańskich i afgańskich. Delegacje Karakałpaków docierały na dwór cara, zaś w polityce wewnętrznej koncentrowano się na ochronie przeciw koczownikom atakującym kraj.
Od 1873 roku w efekcie porozumienia między Rosją a Królestwem Chiwy Chanat Chiwy stał się wasalem carskiej Rosji. Ziemie na prawym brzegu Amu-darii, gdzie główną ludnością byli Karakałpakowie, stały się częścią Imperium Rosyjskiego, zaś ich władca otrzymał od cara tytuł Najjaśniejszej Wysokości. Po ustanowieniu władzy radzieckiej w 1918 r. Karakałpacja stała się częścią Chorezmiańskiej Ludowej Republiki Radzieckiej i Turkiestańskiej Autonomicznej Socjalistycznej Republiki Radzieckiej. W 1932 roku powstała Autonomiczna Socjalistyczna Republika Radziecka Kara-Kałpak (w ramach RFSRR).
14 grudnia 1990 roku Rada Najwyższa Karakałpackiej ASRR przyjęła Deklarację o suwerenności, przewidującą niepodległość państwa. W 1993 roku podpisano umowę międzypaństwową na 20 lat w sprawie przystąpienia Republiki Karakałpakstanu do Uzbekistanu. Traktat daje autonomicznej republice prawo do odłączenia się od Uzbekistanu w drodze referendum.
W grudniu 1993 roku przyjęto hymn państwowy Republiki Karakałpakstanu, Qaraqalpaqstan Respublikasıniń mamleketlik gimni, który jest jednym z symboli kraju. Hymn został napisany w języku karakałpackim. Autorem słów jest Ibrahim Jusupow (1929 – 2008), tłumacz, dramaturg, poeta ludowy Uzbekistanu, badacz kultury karakałpackiej. W 1990 roku oskarżony o działalność antyradziecką za wiersz „Tam, dokąd nas zaprowadził”, w którym ostro krytykował działalność M. Gorbaczowa. W Taszkiencie postawiono mu okazały pomnik.
Kompozytorem muzyki hymnu jest Nadżimaddin Muchammeddinow (1937), wykładowca akademicki, dyrektor artystyczny Filharmonii Karakałpackiej. Autor jednej opery i wielu utworów instrumentalnych oraz pieśni.
Qaraqalpaqstan Respublikasıniń mámleketlik gimni
Jayxun jaǵasında ósken bay terek,
Túbi bir shaqası mıń bolar demek,
Sen sonday sayalı, quyashlı elseń,
Tınıshlıq hám ıǵbal sendegi tilek.
Diyxan baba nápesi bar jerinde,
Juwsan ańqıp, kiyik qashar shólinde,
Qaraqalpaqstan, Qaraqalpaqstan degen atıńdı,
Áwladlar ádiwler júrek tórinde.
(w jęz. karakałpackim)
Hymn państwowy Republiki Karakałpakstanu
Na brzegu Amu-darii rosną wysokie topole,
Której korzenie mają tysiąc lat.
Jesteś więc zacienioną, słoneczną krainą,
A twoim pragnieniem jest szczęście i pokój.
Oddechem pradziada rolnika tchnie twoja ziemia
I pachnie piołunem, a saiga biegnie przez twoją pustynię.
Nazywasz się Karakałpakstan, Karakałpakstan!
Potomkowie wołają do nas z głębiny swych serc.
Nasza epoka woła o jaśniejszą przyszłość,
Pokazywana jest odwaga i mądrość,
A lud twój jest odważny, przyjazny i życzliwy;
Rozkwitaj i rozwijaj się swobodnie,
bądź taka na zawsze.
Oddechem dziadka rolnika tchnie twoja ziemia,
Pachnie piołunem, a saiga biegnie przez pustynię.
Nazywasz się Karakałpakstan, Karakałpakstan!
Potomkowie mówią do nas z głębi swoich serc.